Um canhão submarino corresponde, em domínio subaéreo, a um vale encaixado no qual corre um rio cujas correntes transportam sedimentos e geram fenómenos erosivos. Pelo facto de se tratarem de canhões submarinos, estes processos ocorrem debaixo de água e assumem uma dinâmica diferente, funcionando como condutas sedimentares, ao longo das quais há intensificação dos processos de transporte de partículas entre a zona costeira e o domínio profundo.
No caso particular do canhão da Nazaré, o facto de este apresentar uma cabeceira próxima do litoral exerce uma influência significativa sobre os processos hidrodinâmicos e de transporte sedimentar, conduzindo à criação de condições oceanográficas particulares, intrinsecamente relacionadas com a sua morfologia.
Considerado como o mais longo da Europa, este canhão disseca a margem continental Ibérica segundo a direcção este-oeste, desde a plataforma continental, a profundidades de 50 metros, até à planície abissal Ibérica onde atinge profundidades na ordem dos 5000 metros.
Dependendo das regiões da margem continental que ele atravessa, é possível distinguir 3 secções do Canhão da Nazaré.
A secção superior engloba a parte do canhão que secciona a plataforma continental. A sua extremidade mais próximo de costa - a cabeceira do canhão – encontra-se a menos de 1 km a SW do Sítio da Nazaré e atinge profundidades de 50 metros. Daí, a secção superior estende-se para maiores profundidades, ao longo de 60 km, até atingir o bordo da plataforma continental. Nesta secção o canhão apresenta um perfil em V, com as paredes dissecadas por ravinas.
Segue-se a secção média do canhão, que corresponde à parte onde este secciona a vertente continental. A secção média do canhão da Nazaré estende-se por 57 km, desde o bordo da plataforma até à base da vertente continental, a profundidades de 4050 metros. Ao longo desta secção o canhão conserva ainda uma forma em V, muito sinuosa, apresentando grandes ravinas nas paredes junto à parte mais profunda que define o seu eixo (chamada de talweg).
A secção inferior corresponde ao extremo mais profundo do canhão, situada a profundidades superiores a 4050 metros. No Canhão da Nazaré esta zona estende-se por cerca de 94 km. Aí a parte central do canhão – o talweg – perde as suas características abruptas das secções menos profundas, transitando de um perfil em V para um fundo plano e pouco sinuoso. Aos 4970 metros, a 211 km da cabeceira, o canhão atinge a planície abissal Ibérica.